《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十四條規定：

市、縣級人民政府及其有關部門應當依法加強對建設活動的監督管理，對違反城鄉規劃進行建設的，依法予以處理。

市、縣級人民政府作出房屋征收決定前，應當組織有關部門依法對征收范圍內未經登記的建筑進行調查、認定和處理。對認定為合法建筑和未超過批準期限的臨時建筑的，應當給予補償;對認定為違法建筑和超過批準期限的臨時建筑的，不予補償。

1、從上述法律規定不難看出，該條第1款明確要求市、縣級人民政府及其下屬的城鄉規劃部門應當盡職盡責，加強對轄區內建設活動的監督管理，對違反城鄉規劃建設的，依據《城鄉規劃法》依法予以處理。之所以這樣規定，是因為《國有土地上房屋征收與補償條例》頒布實施以前，很多地方政府的房屋拆遷活動中，拆除違章建筑經常被異化為提高搬遷效率，降低拆遷成本的促遷手段，甚至于對違章建筑的范圍隨意擴大，由此引發大量矛盾乃至群體事件。因此該法律條款強調違章建筑的認定與處理屬于城鄉規劃部門的常設職責，且在征收前先行對違章建筑調查、認定、處理，既可以防止拆違矛盾異化為征收矛盾，也可以避免地方政府利用拆違的名義違法拆除民房。

2、依據該條第2款規定，市、縣級人民政府應當組織土地、建設、規劃、房產等有關部門對征收范圍內的未登記房屋進行調查、定性、和處理，且該工作應當在市、縣級人民政府作出房屋征收決定前完成。

(1)未登記房屋的調查：調查擬征收范圍內未經登記房屋的數量、建造年月、是否部分取得審批手續及是否嚴重影響城市規劃、未超過批準使用年限的臨時建筑的剩余使用年限等。

(2)未登記房屋的定性：根據調查結果確定未經登記的房屋是屬于違法建筑的未經登記建筑、可以進行合法性補正的未經登記建筑、可以視為合法建筑的未經登記建筑、可以參照合法建筑適當補償的未經登記建筑、未超過批準使用年限的臨時建筑、還是超過批準使用年限的臨時建筑。

(3)未登記房屋的處理：城鄉規劃部門對定性為違法建筑的未經登記房屋有權限期拆除，對可以進行合法性補正的未經登記建筑可以責令限期改正并處罰款。

3、市、縣級人民政府作出房屋征收決定后，對征收范圍內的未登記房屋，根據有關部門的前置調查、定性結果區別處理：

(1)違法建筑與超過批準使用年限的臨時建筑不予補償;

(2)可以進行合法性補正的未登記建筑先補齊相關手續并繳納罰款后作為合法建筑予以補償;

(3)可以視為合法建筑的未登記建筑作為合法建筑予以補償;

(4)可以參照合法建筑適當補償的未登記建筑根據補償方案予以部分補償;

(5)未超過批準使用年限的臨時建筑作為合法臨時建筑予以補償。

4、從法律意義上來說，“違反城鄉規劃進行建設”的違法建筑僅指建設當時違反《城市規劃條例》、《城市規劃法》或者《城鄉規劃法》之規定的建筑物。城鄉規劃部門在調查過程中發現違法建筑的存在時，應當分兩種情況進行處理：

(1)未取得任何審批許可并嚴重影響城市規劃的，限期拆除;(不予補償)

(2)一般影響城市規劃，尚可以采取改正措施的，責令限期改正并處以罰款。(根據不同情況依照補償方案予以適當補償)

總結

因此，在國有土地上的房屋征收過程中，不予補償的未登記房屋只有兩種情況：

1、被城鄉規劃部門認定為違法建筑的未取得任何審批許可并嚴重影響城市規劃的未登記房屋，由城鄉規劃部門責令限期拆除;

2、超過批準使用年限的臨時建筑。除此之外的未登記房屋應當根據不同情況分別予以補償或者適當補償。