1、行政復議制度的功能難以發揮在行政復議制度的實際運行中，某些行政復議機構形同虛設：一方面，這些行政復議機構沒有起到化解糾紛的功能;另一方面，公民對這些復議機構信任程度不夠。造成這種現象的原因主要有：首先，復議機關與作出的行政機關具有行政隸屬關系，這就決定了復議機關在裁決行政糾紛時難以十分公正;復議機關有時出于照顧上下級關系或整體與部門的關系而支持原行政機關的工作，有時甚至行政行為在作出之前就已經先行請示過上級(復議)機關，這樣原行政機關的決定實際上就已經體現了復議機關的意志。其次，復議機關不愿當被告的心理，也影響了行政復議決定的公正性。我國《》規定，復議機關改變原具體行政行為的，一旦被，復議機關將成為被告;因而有些復議機關為了不當被告，對于受理的復議案件，常常不問青紅皂白，維持了事;另外，在實踐中某些領導人觀念落后，把是否被起訴和否敗訴作為行政機關政績考核的標準，這也是復議機關草率維持原具體行政行為的原因之一。再次，復議機關從事復議工作的人員不足，素質不高，專業化不強，是行政復議決定公正性不夠的內在原因。直到目前，我國尚沒有法律對行政復議人員的任職資格作出規定。沒有高素質、專業化的復議人員，就不可能有高質量的復議裁決。

2、行政復議機構不統一、不獨立沒有相對統一和獨立的行政復議機構，既不利于公正地進行行政復議，也不利于機構精簡。我國的行政復議機構分別隸屬于各級不同的人民政府和不同的行政職能部門。各級人民政府和各行政職能部門根據自己的實際情況設立主管行政復議的工作機構，沒有一套統一的行政復議機構體系。這樣就很容易產生各種弊端。首先，不能公正地進行行政復議裁決。主持復議的行政機構完全聽命于其所屬的行政首長，沒有自主決定權;而其所屬的復議機關又與作出具體行政行為的行政機關有千絲萬縷的聯系。其次，沒有統一的復議機構體系，違背了行政機關的精簡效能原則，造成機構臃腫，加重了各級各類行政機關的負擔。同時，在各級政府和各類職能部門設立行政復議機構，造成了人員一定程度的浪費，不利于行政機關工作效率的提高。

3、公務員合法權益受到侵犯得不到行政復議的救濟《》沒有將內部行政行為納入，公務員合法權益受到侵犯不能得到及時、有效的救濟。行政機關的行政行為按照其行使職權的范圍和與行政管理相對人之間的關系來分類，可以分為內部行政行為和外部行政行為。內部行政行為最大的特點是管理者與被管理者之間具有行政隸屬關系。《行政復議法》規定，行政機關工作人員對行政機關的獎懲、任免等決定不服的，不能申請復議。在理論上和實踐中(甚至立法意圖上)此類行為并不局限于獎懲、任免，而是將其擴充到內部行政行為實際上，保護公務員的合法權益與保護普通公民的合法權益一樣，兩者都應該有充分的救濟途徑和救濟手段。雖然可以通過行政申訴來維護自己的合法權益，但申訴與行政復議制度的功能不可同日而語，后者的救濟更加有效。《行政復議法》將公務員合法權益的救濟排除于復議之外，這是我國行政復議制度的一大缺陷。

4、行政復議只能對部分發揮有限的監督作用《行政復議法》只是將規章以下的抽象行政行為有限納入了行政復議范圍，對于規和規章，行政復議仍然不能發揮監督作用。對抽象行政行為進行復議監督問題，是法學界、實際部門以及社會公眾十分關注的問題。從1990年起草《行政復議條例》時，就有人主張將抽象行政行為納入復議范圍，但由于當時條件所限及認識上的不統一等原因，最終未能如愿。在制定《行政復議法》時，抽象行政行為的復議監督問題再次被提上日程。在我國，對抽象行政行為的監督是十分有限和薄弱的。從理論上說，對抽象行政行為有下列監督形式：人大和上級行政機關的監督;備案審查的監督;人民法院和行政復議機關審查具體行政行為時的間接監督。但是，這些看似完備的監督制度，實際上卻收效甚微。究其原因無外乎兩點：一是有權監督的機關沒有真正實施監督;二是沒有行政行為的利害關系人參加，缺少程序的發動者和監督的原動力

5、臨時權利保護的法律規定流于形式在實踐中，復議期間具體行政行為不停止的規定流于形式，制度規定與實際運行相脫節。《行政復議法》同原《行政復議條例》一樣，作了類似于《行政訴訟法》的規定：復議期間具體行政行為不停止執行是原則，停止執行是例外。但是，復議期間，甚至包括訴訟期間，具體行政行為停止執行究竟是原則還是例外?根據傳統的行政法理論，行政行為具有公定力，即行政行為即使違法，在法律上仍然有效并且具有拘束有關人員的效力;因此，具體行政行為在復議和訴訟期間不停止執行。但是，在執法實踐中卻與此相反，停止執行是原則，不停止執行是例外。對復議期間具體行政行為不停止執行是原則的規定，有學者從理論層面和操作層面進行了分析，認為該原則在理論上欠邏輯性、在操作上缺少可執行性。事實上，在西方發達國家，如在美國和行政行為公定力理論盛行的德國，已經開始實行在行政復議和行政訴訟期間停止執行行政行為為原則。因此，復議不停止執行原則的規定應該在今后的立法中加以修改。這樣，既可以突出對公民權利的保護，又可以避免制度規定與實際運行的不一致。

6、律師代理行政復議缺少規定原《行政復議條例》沒有規定制度。《行政復議法》雖然規定了委托代理制度，但是對律師能否介入行政復議活動并沒有明確規定，這就不能很好地發揮律師在行政復議中的積極作用。實際上，律師介入行政復議有著非常重要的作用：第一，有利于更好地維護公民、或者其他組織的合法權益，因為律師精通法律，享有比一般委托代理人更廣泛的權利，如可以向有關單位調查取證。第二，有利于制約行政復議機關依法公正地進行裁決，因為律師更善于發現行政機關具體行政行為的違法之處。因此，我國亟需對律師代理行政復議案件的規則作出規定。此外，我國行政復議制度也還存在其他一些問題，如行政復議制度健康發展的社會環境尚不夠理想，對復議活動本身的監督機制尚沒有形成，少數終局復議制度仍然存在，等等。