我國《土地管理法》第四十七條第二、第三款對耕地征用的補償費，安置補助費進行了規(guī)定并有具體的計算標準，但對因土地征用而引起的農(nóng)民在宅基地上自建房屋的拆遷卻沒有補償標準。現(xiàn)實中，一般是由政府參照《城市房屋拆遷管理條例》及《細則》進行補償，由于城市國有土地上的房屋和農(nóng)村集體土地上的房屋在土地所有權(quán)性質(zhì)、所有權(quán)主體、土地管理方式以及拆遷安置對象等方面均有差異，所以，《城市房屋拆遷管理條例》并不具有直接的參照性，導(dǎo)致在執(zhí)行過程中，各級政府制定的補償標準隨意性很大，拆遷程序和補償標準十分混亂。這種隨意性不但造成了補償標準不統(tǒng)一，也造成了補償標準的不合理性，因此也就不可避免地產(chǎn)生了許多糾紛，不僅極大地影響了黨和政府的聲譽，也直接影響了拆遷的進程和效率。在一些地區(qū)，政府為了引進投資，制定較低的補償標準，以犧牲農(nóng)民的利益換取所謂的投資環(huán)境，使農(nóng)民的利益得不到應(yīng)有保護。法定補償標準的缺失導(dǎo)致此類糾紛矛盾尖銳，處理難度加大。

2、對拆遷中農(nóng)民的私有財產(chǎn)權(quán)保護不夠。

農(nóng)民通過宅基地依法取得集體土地的使用權(quán)，農(nóng)民在宅基地上所建的房屋屬農(nóng)民私有財產(chǎn)是無可非議的。但在征用農(nóng)村集體土地的現(xiàn)實中，由于缺乏相應(yīng)的法律規(guī)范對農(nóng)村集體土地征用補償法律關(guān)系進行明確的界定和規(guī)范，地方政府與村組簽訂《土地征用協(xié)議書》，協(xié)議中卻將屬于農(nóng)民私有財產(chǎn)的房屋一同處分。這種協(xié)議將私產(chǎn)與公產(chǎn)混為一談，其違法性顯而易見。從法理而論，房屋作為農(nóng)民的私有財產(chǎn)，農(nóng)民是房屋所有權(quán)的主體，只能由農(nóng)民自己進行處分，所以關(guān)于集體土地上房屋拆遷的補償應(yīng)從土地征用補償中分離出來。

同時，房屋拆遷補償協(xié)議作為一種民事法律關(guān)系，應(yīng)當由拆遷人和被拆遷人協(xié)商一致達成補償協(xié)議。但是由于我國《土地管理法》將集體土地上的房屋納入到了土地征用補償之中，房屋所有權(quán)主體作為被拆遷人不直接參與協(xié)商，對被拆遷人的房屋進行價格評估亦不通知被拆遷人到場，而是由拆遷人單方指定的評估機構(gòu)進行評估，有關(guān)拆遷補償和安置通常是由開發(fā)商一方說了算，協(xié)議中的一些規(guī)定屬于霸王條款，加之一些地方政府為了“優(yōu)化”當?shù)赝顿Y環(huán)境，加大了行政權(quán)力的介入，被拆遷人無論是否同意都得拆，剝奪了農(nóng)民作為被拆遷人在整個拆遷過程中表達自己意愿、維護自己權(quán)益的機會，嚴重侵害了被拆遷人的權(quán)益。實際上，一攬子包括在土地征用費中的房屋拆遷安置補償費就是農(nóng)民作為被拆遷人時喪失房屋所有權(quán)的對價，他們對此豈能沒有發(fā)言權(quán)？這顯然違反了民法上的意思自治原則，更不能體現(xiàn)拆遷人與被拆遷人作為法律意義上的平等主體關(guān)系。

3、房屋所有人和第三人合法權(quán)益得不到保障。

集體土地上的房屋拆遷和城市房屋拆遷一樣，涉及很多法律關(guān)系。如拆遷居住房屋涉及的搬遷補助費、過渡期內(nèi)的臨時安置費，拆遷農(nóng)村集體經(jīng)濟組織以土地使用權(quán)入股聯(lián)營等形式與其他單位、個人共同開辦的企業(yè)所有的非居住房屋涉及的補償費問題及因拆遷造成的停產(chǎn)、停業(yè)損失及預(yù)期收益的補償問題，對利用宅基地內(nèi)自建房屋從事生產(chǎn)經(jīng)營并持工商營業(yè)執(zhí)照房屋的拆遷安置問題，拆遷農(nóng)房租賃戶時涉及的租賃法律關(guān)系等等，其中既涉及房屋所有權(quán)人的權(quán)益，同時又涉及房屋所有人以外第三人的權(quán)益。由于我國目前尚無明確的法律、法規(guī)對上述問題進行規(guī)范、相當一部分地區(qū)對上述問題比較忽視，在實際拆遷時，只將房屋作為集體土地上的附著物進行補償，并不細化區(qū)分農(nóng)村房屋的用途、性質(zhì)及相關(guān)的權(quán)利，嚴重損害了房屋所有人和第三人的合法權(quán)益。對任何私人房屋的拆遷都必須給予合理的補償，這是國際通行的一條基本準則。國家發(fā)展必然要征用土地，城市化建設(shè)必須進行拆遷，拆遷就需要補償。同時，不管是對城市居民還是對農(nóng)民，拆遷補償均應(yīng)該是公平合理的。如果能夠給予公平合理的補償，國家經(jīng)濟建設(shè)、城市發(fā)展便不會造成更大的社會矛盾和利益沖突，這是迫切需要解決的重要問題。

4、剝奪了農(nóng)民作為被拆遷人時的訴權(quán)。

由于我國《土地管理法》并沒有將農(nóng)民的房屋從土地征用中分離出來，而是將其包含在“地上附著物”中，所以在具體操作時，征地單位通常是將土地補償費及“地上附著物”補償費按照補償方案一攬子支付給政府或村組，關(guān)于補償方案又是政府或村組與征地單位協(xié)商。根據(jù)《土地管理法》的規(guī)定，補償方案要經(jīng)有關(guān)政府批準，對補償方案有異議或不能達成協(xié)議的，由政府部門處理。從法理而言，當一個私權(quán)利受到另一個私權(quán)利侵犯時，當事人一方或雙方可以采取到法院提起民事訴訟等方式去解決，而當私權(quán)利受到公權(quán)侵犯時，只有一個辦法，就是提請行政復(fù)議和提起行政訴訟，告的必須是具體行政行為，因為在我國當事人不能起訴政府的抽象行政行為，同時，依據(jù)我國《行政訴訟法》的有關(guān)規(guī)定，被征用方與征用方就征用補償有關(guān)問題達不成協(xié)議，對行政裁決又不服，可以向人民法院提起行政訴訟。由于農(nóng)民個體作為被拆遷人時不是土地征用的一方當事人，所以就不能行使這種訴權(quán)，農(nóng)民只能被迫接受政府裁決的方案