根據1999年最高人民檢察院《關于人民檢察院直接立案偵查案件標準的規定（試行）的規定，挪用公款涉嫌下列情形之一的，應予立案：

1、挪用公款歸個人使用，數額在5000元至1萬元以上，進行非法活動的

根據最高人民法院1998年4月6日通過的《關于審理挪用公款案件具體應用法律若干問題的解釋》和《刑法》第384條的規定，挪用公款歸個人使用，包括挪用者本人使用或者給他人使用，也包括挪用公款給私有公司、私有企業使用。所謂“進行非法活動”，既指進行犯罪活動，也包括進行違法活動。從法律規定的字面意義看，挪用公款歸個人使用進行非法活動的，都應當追究刑事責任，在制定立案標準的時候，考慮到，如果挪用公款進行非法活動，數額較小，社會危害性不大的，還是應當體現刑法的謙抑性，不應當按照犯罪追究刑事責任。犯罪應當是危害行為達到需要追究刑事責任程度的行為。基于這種認識，最高人民檢察院的立案標準規定：挪用公款歸個人使用，進行非法活動的，挪用數額達到5000元至1萬元以上的，檢察機關應當立案偵查。對挪用公款歸個人使用，進行非法活動類型的挪用公款立案，不受挪用時間的限制。對于為達到這個數額標準的，不應當作為犯罪處理，可由其所在單位或者上級主管部門給予相應的行政處分。

2、挪用公款數額在1萬元至3萬元以上，歸個人進行營利活動的

刑法將挪用公款罪區分為三種情況進行規定，每一種情況反映出不同的社會危害性。挪用公款歸個人進行營利活動，相對于進行非法活動來講，其社會危害性顯然要小的多，所以，最高人民檢察院在制定立案標準的時候，將進行營利活動類型的挪用公款立案條件規定為1萬元至3萬元以上。所謂“進行營利活動”，是指將挪用的公款用于投資、經營等以營利為目的的活動，至于該投資、經營活動是否真的營利則不是法律所要考慮的問題，即使是虧損，該種行為的性質仍然是營利活動。

3、挪用公款歸個人使用，數額在1萬元至3萬元以上，超過3個月未還的

這種情形的挪用公款罪主要是指，將挪用的公款用于個人生活、消費或者享樂。對這種類型的挪用公款行為立案偵查需要掌握兩點：一是挪用數額達到1萬元至3萬元以上；二是挪用時間超過3個月未還，兩個條件，缺少任何一個都不能立案。所謂“超過3個月未還”是指被司法機關、主管部門發現前已超過3個月未還。如果行為人在3個月內全部歸還本息的，一般不按犯罪處理，可由主管部門按照違反財經紀律處理。如果在案發前，行為人已經將挪用的公款本息歸還，但歸還的時間超過了3個月，仍然要追究刑事責任，但可以考慮從輕或者減輕處罰。

對挪用公款犯罪立案標準規定一定的數額幅度是一個特例，這主要是考慮該種行為侵害的客體是公共財產的管理秩序，相對于貪污等犯罪來講其危害性要小一些。同時也考慮到各地的經濟、社會、文化發展水平不同，對挪用公款行為的社會危害性認識程度、社會感受程度不同。在以往的實踐中各地已有一些標準，事實上存在著差別。因此，立案標準，既對不同類型的挪用公款行為規定了不同的立案數額。時間標準，又規定各省級檢察院可以根據本地情況，在最高人民檢察院規定的立案標準幅度內，自行規定本省范圍內掌握的立案數額標準并向最高人民檢察院備案，尊重各地的實際情況，給各地一個選擇的余地。