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在市場經濟活動中，以股權轉讓方式轉讓房地產涉及土地增值稅、企業(yè)所得稅、印花稅等，對于企業(yè)所得稅和印花稅的繳納，稅收法規(guī)規(guī)定較為明確，沒有任何爭議。而對于股權轉讓的土地增值稅是否應該征收則爭議較大，對此可能存在一些疑問。下面律霸小編為您詳細解答。

1、以股權轉讓方式轉讓房地產征收土地增值稅的法律依據

《土地增值稅暫行條例》第二條規(guī)定:“轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物(以下簡稱轉讓房地產)并取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人(以下簡稱納稅人)，應依照本條例繳納土地增值稅”。可見，土地增值稅是對轉讓房地產行為征收的一種財產稅，據此，股權轉讓不涉及土地增值稅。但隨著《國家稅務總局關于以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的批復》(國稅函[2000]687號)文件出臺，讓原本簡單、明確的政策變得復雜起來。

國稅函[2000]687號文件規(guī)定：你局《關于以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的請示》(桂地稅報〔2000〕32號)收悉。鑒于深圳市能源集團有限公司和深圳能源投資股份有限公司一次性共同轉讓深圳能源(欽州)實業(yè)有限公司100%的股權，且這些以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建筑物及附著物，經研究，對此應按土地增值稅的規(guī)定征稅。

該文件是國家稅務總局對廣西壯族自治區(qū)地方稅務局關于深圳市能源集團有限公司和深圳能源投資股份有限公司一次性共同轉讓深圳能源(欽州)實業(yè)有限公司100%的股權是否繳納土地增值稅的答復，對該個案具有法律效力。但在實務中，全國各地許多稅務機關依照該文件，對以股權方式轉讓房地產的行為征收土地增值稅。

2、以股權轉讓方式轉讓房地產不應征收土地增值稅的緣由

國稅函[2000]687號與上位法相沖突。

國稅函是國家稅務總局對本系統(tǒng)下屬單位工作請示的批復函，屬于稅收規(guī)范性文件，依據相關行政法規(guī)和國稅發(fā)[2004]132號規(guī)定，在稅收法律、行政法規(guī)、部門規(guī)章之后。而《土地增值稅暫行條例》是由國務院頒布，屬于行政法規(guī)，法律效力高于稅收規(guī)范性文件。根據《土地增值稅暫行條例》第二條明確規(guī)定了土地增值稅的納稅義務人為轉讓房地產的單位和個人，征稅范圍為轉讓房地產的行為。以股權轉讓方式轉讓房地產的行為，房地產的產權人在股權轉讓前后，并未發(fā)生變化，因此并未發(fā)生房地產的轉讓行為，且納稅義務人并非轉讓房地產的單位和個人，而是轉讓股權的單位和個人。國稅函[2000]687號將該行為納入土地增值稅的征收范圍，擴大了《土地增值稅暫行條例》中關于土地增值稅納稅義務人和征稅范圍的規(guī)定，明顯超越上位法的規(guī)定，因而其法律效力和合法性存在疑問。

國稅函[2000]687號文件不具有普遍適用性。

國稅函[2000]687號是國家稅務總局對廣西壯族自治區(qū)地方稅務局關于深圳市能源集團有限公司和深圳能源投資股份有限公司一次性共同轉讓深圳能源(欽州)實業(yè)有限公司100%的股權是否繳納土地增值稅的答復，僅對請示事項有效，同時對抄送機關有效。其他稅務機關遇到性質相同的事項也可以選擇參照執(zhí)行。執(zhí)行與不執(zhí)行的選擇權力在稅務機關。因此，該函不具有普遍適用性。

3.與營業(yè)稅政策相矛盾

以股權轉讓方式轉讓房地產的行為，如果按照國稅函[2000]687號文件的精神，認定為房地產轉讓行為，那么根據《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》及其實施細則的有關規(guī)定，應按銷售不動產或無形資產稅目征收營業(yè)稅。但《國家稅務總局關于納稅人資產重組有關營業(yè)稅問題的公告》(國家稅務總局公告2011第51號)規(guī)定：“納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、債務和勞動力一并轉讓給其他單位和個人的行為，不屬于營業(yè)稅征收范圍，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不征收營業(yè)稅。”

同一交易行為，依據國稅函[2000]687號被認定為房地產轉讓行為，需要繳納土地增值稅，而依據國家稅務總局公告2011第51號卻認定為不是房地產轉讓行為，不需要繳納營業(yè)稅。對股權轉讓方式轉讓房地產的交易行為的法律性質應如何判定，稅收政策相互矛盾。

4.適用國稅函[2000]687號，在實踐操作中存在一系列問題

(1)增值額難以確定。土地增值稅實行四級超額累進稅率，而確定稅率的關鍵就是確定增值額。根據《土地增值稅暫行條例》的規(guī)定，納稅人轉讓房地產所取得的收入，減除規(guī)定扣除項目金額后的余額，為應納土地增值稅的增值額。以股權轉讓方式轉讓房地產的交易中，要確定增值額，首先要確定房地產轉讓收入和扣除項目金額。扣除項目金額被轉讓企業(yè)賬面有記載，容易獲得。房地產轉讓收入應如何確定，轉讓方獲得的是股權轉讓收入，包括房地產價值、股本價值和其他資產價值。哪些屬于房地產價值，很難確定。

(2)存在重復征稅。適用國稅函[2000]687號對股權轉讓行為征收土地增值稅，是對股權轉讓方征稅，被轉讓企業(yè)的土地賬面價值不會相應得到調整，股權收購方在購買被轉讓企業(yè)股權，獲得該房地產后，無論繼續(xù)開發(fā)后轉讓或直接轉讓，均只能以被轉讓企業(yè)賬面記載的房地產開發(fā)成本作為計算土地增值稅的扣除項目金額，不能將股權轉讓方已經繳納的土地增值稅計入扣除項目金額。勢必造成對同一房地產銷售行為重復繳納土地增值稅的情況。

(3)容易被規(guī)避。國稅函[2000]687號文件的適用，必須滿足三個條件：一是，股權轉讓行為為一次性行為;二是，轉讓100%股權;三是，以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建筑物及附著物。只有同時滿足上述三個條件才能適用687號文件對以股權轉讓方式轉讓房地產的行為征收土地增值稅。如果以股權轉讓方式轉讓房地產行為的最終目的是為了避稅，那么企業(yè)通過多次股權交易或者轉讓99%的股權，就不滿足國稅函[2000]687號的適用條件，是不征收土地增值稅。

綜上所述，對股權轉讓的土地增值稅征收的法律依據國稅函[2000]687號文件，由于法律位階較低，擴大上位法的規(guī)定范圍，其合法性存在疑問。且在實際操作中存在增值額難以確定、重復征稅和容易被規(guī)避等問題。因此，在目前的法律框架下，對以股權轉讓方式轉讓房地產的行為不應征收土地增值稅。更多相關知識您可以咨詢律霸相關律師。

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